當(dāng)溶劑與流動(dòng)相起始有機(jī)相比例有差異時(shí)，在不同儀器上會(huì)呈現(xiàn)出不同的檢測效果。

圖中為同一個(gè)項(xiàng)目在兩臺(tái)不同儀器上的檢測效果。該項(xiàng)目的溶劑為50%乙腈，流動(dòng)相起始比例為25%乙腈。圖1為在柱前管路內(nèi)徑較大的儀器上的效果圖，圖2為內(nèi)徑管理較細(xì)的儀器上的效果圖。較大的管路內(nèi)徑使樣品在進(jìn)柱子前得到充分的混合，消除了溶劑效應(yīng)，呈現(xiàn)比較好的峰型。這種有溶劑效應(yīng)的項(xiàng)目，可以通過使用較粗的管線的儀器，或降低進(jìn)樣量的方法來解決，當(dāng)然，更加保險(xiǎn)的方法就是把樣品溶劑更換后與初始流動(dòng)相極性更為接近的溶劑。

進(jìn)樣量過大，進(jìn)樣閥-色譜柱-檢測器之間、檢測池、接頭體積大，都會(huì)引起柱外效應(yīng)，導(dǎo)致峰型異常。因此，這類樣品，在方法中需對儀器的要求更加詳細(xì)。

緩沖液選擇不正確，如緩沖鹽濃度太低、超出有效的緩沖pH值范圍，都可能導(dǎo)致重現(xiàn)性不好的情況。有些對pH值特別敏感的樣品，流動(dòng)相的pH值的細(xì)微變化都會(huì)導(dǎo)致無法重現(xiàn)。這類樣品，在緩沖液選型時(shí)應(yīng)特別注意緩沖的的緩沖范圍和濃度，以保證流動(dòng)相體系能給樣品檢測提供一個(gè)穩(wěn)定的pH值。

有些樣品對有機(jī)相的變化特別敏感，這類樣品，建議流動(dòng)相選擇在線混合。

很多樣品都會(huì)因柱溫變化而產(chǎn)生不同的選擇性。因此，如果不用柱溫進(jìn)行控制，會(huì)導(dǎo)致樣品因柱溫的變化而產(chǎn)生重現(xiàn)性問題。建議在方法開發(fā)時(shí)，對柱溫進(jìn)行±10℃溫度 的耐用性進(jìn)行驗(yàn)證，如對柱溫變化敏感的，應(yīng)把檢測柱溫列入方法。

此外，還有柱平衡慢，柱超載、儀器故障等問題也會(huì)造成方法無法重現(xiàn)。